Die Anfänge der St. Marienkirche reichen vermutlich in das ausgehende erste Jahrtausend zurück. Urkunden von 1051 und 1057 bezeugen, dass bereits Nachbargemeinden des weiteren Umkreises der Kirche in Wienhausen unterstellt waren.

Zwischen 1221 und 1229 begann man mit dem Bau des Klosters. Im Jahr 1310 entstand der Westflügel. Um 1330 wurde die gotische Nonnenkirche erbaut, deren Ostgiebel an die Westseite der St. Marien-Kirche grenzt. Bald danach dürfte die einschiffige romanische Kirche um ein schmales Schiff nach Süden verbreitert worden sein (gotisch). Vorher bildete die Südfront beider Kirchen eine Linie. Kloster und Kirche waren Maria und Alexander geweiht.